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商业秘密相对于专利权具有两大优势：
(1)专利具有很大的局限性，如时效性(专利保护的最长期限为20年)、地域性和技术内容必须公开(实际上专利权是专利权人以技术公开换取国家法律赋予的合法垄断)等，而商业秘密则没有。只要不被人以合法手段破解，或被不法窃取、泄露，秘密就永远存在。因此，在核心技术保护上，许多企业宁愿采取商业秘密形式保护自己对技术的专用，而不愿申请专利。
(2)商业秘密不仅可以保护企业的技术信息，而且还可以保护企业其他机密的商业情报，如客户名单、管理和营销诀窍等。
但采取商业秘密形式保护自己的智慧成果也有很大的局限性：
(1)由于没有事先的确权程序，企业无法正确判断自己拥有的技术信息和经营信息是否属于商业秘密；
(2)企业员工的流动给商业秘密保护带来的威胁，员工跳槽带走商业秘密后，权利人一般很难举证证明，这就为商业秘密保护带来诸多问题。如果在劳动合同中限制员工离职后从事与企业相竞争的职业，又有可能因侵犯员工就业自主权利而被法院宣布为无效。因此，如何有效运用法律手段来保护自已商业秘密是一门复杂的艺术，只有与专业知识产权律师合作才能有效的解决这一难题。